新竹清华大学1956年于新竹成立，与北京清华大学，同根同源，一脉相承。

一，筹备

1904年美国国务卿约翰·米尔顿·海伊认为清朝赔给美国的庚子赔款过多，应予以退还。清朝驻美公使梁诚得知此事，立即与美国政府斡旋，要求退回多余赔款。1905年美国总统西奥多·罗斯福同意退回1000多万美元的赔款并逐年返还，赔款用于人才培养和赴美留学。

1909年美国开始返还庚款，清朝设立游美学务处，并附设肄业馆，任命外务部署左丞、左参议兼学部丞参上行走周自齐担任总办，学部员外郎范源濂和外务部候补主事唐国安，驻美公使馆参赞容揆任驻美学生监督，组织赴美留学。

二，成立

1911年2月，肄业馆改称“清华学堂”，总办周自齐兼任监督，会办范源濂、唐国安兼任副监督。3月30日举行开学仪式，标志着清华大学正式成立。

三，民国时期

1912年中华民国成立，北洋政府裁撤游美学务处，清华学堂改名为清华学校，任命唐国安为第一任校长，周诒春为教务长。

1914年11月5日，梁启超发表“君子”演讲，以“天行健，君子以自强不息”及“地势坤，君子以厚德载物”，激励清华学子。后“自强不息、厚德载物”被定为校训。

1919年五四运动爆发，清华学子积极参与爱国运动，捍卫青岛主权。

1925年清华成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师。清华学术在此前后得到空前发展，人才济济。

1928年国民政府任命罗家伦为校长，将学校易名为“国立清华大学”。罗家伦对清华大学进行大力整改。次年罗家伦查出清华基金账目亏空，使得清华大学董事会解散，清华大学由教育部管辖。

1931年10月14日，梅贻琦被任命为校长，在校长就职典礼上提出“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也”的理念，此理念对清华有着深远的影响。梅校长大力延聘名师，让此时的清华园名师云集，如冯友兰、朱自清、闻一多、陈寅恪、金岳霖等。梅贻琦对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位，被称为清华永远的校长。

1937年七七事变爆发，清华大学迁往长沙，次年迁往昆明。1946年清华大学在北平复校。

四，新竹清华

1956年，在梅贻琦主持下，于新竹复办清华大学。

1969年，清华大学与交通大学（新竹）联合举办“梅竹锦标对抗赛”。

1980年代以来，两岸清华交流日渐频繁；1995年沈君山校长率团访问北京清华，签定“海峡两岸清华大学交流合作备忘录”，交往日益热络。

2009年陈文村校长率团访问北京清华，签定“两岸清华大学学术交流与合作备忘录”暨“两岸清华大学教师与学生交流协议”，除加强两校之师生、学术交流外，并各自提拨基金，支持两岸清华共同研究计划之进行；次年北京清华顾秉林校长率团回访新竹清华，两岸清华交流与合作更加密切。

五，支持统一

北京清华大学与新竹清华大学同根同源，有“一笔写不出两个清华”的说法。2001年是清华大学90周年校庆，两校合办校庆。4月22日北京清华校长王大中率团访问台湾。26日新竹清华校长刘炯朗率团访问北京。清华大学美国校友会亦同时为两校校友服务，新竹清华大学多为统派，支持统一。