万州区现属重庆市辖区，位于长江上游地区、重庆东北部，面积3457平方公里，城区面积100平方公里，已建成25公里滨江环湖内环、57公里城市外环，“一环两翼”的城市空间格局。2017年年末，万州区常住人口为163.58万人。处 三峡库区腹心，为渝东北、川东、鄂西、陕南、黔东、湘西的物资集散地，是 成渝城市群沿江城市带区域中心城市。东汉末年开始设立县治，唐代时开始使用万州的名字，民国时期与成都、重庆并称为“成渝万”。

万州以“万川毕汇”、“万商毕集”而得名。旧石器时代即有人类活动遗迹，大周镇渣子门遗址出土一批打制磨制石器；新石器时代有涪溪口、麻柳沱、密溪沟、苏和坪、大地嘴、黄柏溪、聚鱼沱等遗址。

夏属梁州之地，商周属庸国境域。周匡王二年（公元前611年），楚、秦、巴三国联合灭庸，三分其地，区境归属巴国。在巴国由清江流域沿长江流域西迁过程中，曾驻万州区武陵镇“巴子故城”。

秦昭王三十年（公元前277年），秦夺取楚国西部地区后，置巴郡朐忍县（治万户驿，今云阳县双江镇建民村）管辖。

东汉建安二十一年（216年），刘备分朐䏰西南地界置羊渠县，治今万州区长滩镇，为万州建县之始，时属固陵郡（今奉节），后属巴东郡（今奉节）。

蜀汉建兴八年（230年），省羊渠置南浦县。

南北朝，西魏废帝元钦二年（553年），改南浦为鱼泉县，徙治江北（原环城路），时属信州（今奉节）；北周先改鱼泉县为安乡县，后又改万川县，与南州和万川郡同治，时属信州总管府（今奉节）。

隋朝，开皇十年（598年），废万川郡，改万川县为南浦县，与南州同治，时属信州总管府（今奉节）；炀帝大业三年（607年），省南州、南浦县归属巴东郡（今奉节）。

唐代，武德二年（619年）置南浦州，领梁山、南浦、武宁3县；武德八年改南浦郡为浦州；贞观八年（634年）改浦州为万州，安史之乱前，先属夔州总管府（今奉节），后属夔州都督府（今奉节）；天宝元年（742 年）改万州为南浦郡；乾元元年（758年）复名万州，仍领南浦、武宁、梁山3县。安史之乱后的唐朝，万州多数时间属夔忠涪防御使（治奉节） 。

五代十国时期，万州境域先后为前蜀、后唐、后蜀占据，行政建置仍沿袭唐制，领南浦、武宁、梁山3县。先后属镇江军节度使（先治奉节，后治忠县，又移治奉节）和宁江军节度使（治奉节）。

北宋开宝三年（970年），以万州石氏屯田务置梁山军（亦名高梁郡），领梁山1县。咸平四年(1001年)，置夔州路于奉节，辖万州、涪州、重庆府等地。

元代，世祖至元二十年（1283年），省南浦县入万州，领武宁1县，时属夔州路（今奉节）。

明朝，洪武四年（1371年），并武宁县入万州，洪武六年（1373年）降万州为万县，属夔州府（今奉节）。

清代，沿循明制，属夔州府（今奉节）。光绪二十八年（1902年）9月5日，英帝国主义强迫清政府签订《中英续议通商行船条约》，增辟万县为通商口岸。

民国六年（1917年）设立海关，因长江水道原因，万县成为四川第三大城市，有“成渝万”之称，同时，也成为川东、鄂西、陕南、黔东、湘西的重要物资集散地。 民国十四年（1925年）7月，段祺瑞政府宣布万县正式开埠，从此万县成为四川省第二个直接报关出口的通商口岸。 民国十七年（1928年）11月15日，驻万军阀杨森以万县城区设置万县市。民国二十四年（1935年），设万县专区。

中华人民共和国成立后，万县专区先后属川东行署区、四川省领导。

1955年，湖北省利川县石家等4乡划归四川省万县。万县谋道3个乡划归利川县。

1992 年12月，四川省撤销万县地区。设立地级万县市，辖龙宝区、天城区、五桥区、开县、梁平县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、城口县3区8县，幅员面积为29485平方公里。

1996年9月，因三峡工程建设，中央批准四川省计划单列市重庆市代管万县市。

1997年，重庆成为中央直辖市。重庆撤销万县市，设万县移民开发区和万县区。

1998年，万县区

更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区（万州区仍辖龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会）。

2000年，撤销万州移民开发区，原万州移民开发区代管的忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县和巫溪县由重庆市直辖。同时，龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会更名为龙宝移民开发区、五桥移民开发区、天城移民开发区，仍由万州区管辖，共32个镇、45个乡、14个街道，1277个居委会、村委会。

2005年，撤销龙宝、天城、五桥3个移民开发区，由万州区直接管理镇乡、街道，辖13个乡、28个镇、11个街道，幅员面积3457平方千米。6月24日，万州区人民政府驻地由太白岩街道迁至陈家坝街道（即由高笋塘82号迁至天城大道756号）

2010年，重庆三峡移民搬迁安置任务已全面完成。万州是最大的三峡移民区，迁入移民26.3万人，三峡库区有1/5移民迁移到万州。万州因成为三峡移民的主要迁入地，规模扩大，变成重庆第二大城。